Fils de Nathaniel JOHNSTON, négociant, et de Charlotte Sophie SCOTT. Ce Nathaniel père (1804-1870) fut négociant en vins, membre de la chambre de commerce de Bordeaux, administrateur des chemins de fer du Midi, propriétaire d'un haras dans son domaine de Lescure, fondateur des courses de chevaux en Gironde, et conseiller général du département de 1852 à 1860. Nathaniel père et Charlotte avaient eu 4 enfants qui dirigèrent à leur tour la maison de vins possédant les châteaux Ducru-Beaucaillou, Saint-Julien et Dauzac-Labarde, Margaux.
Petit-fils de Nathaniel-Armagh qui épousa Anne Steward, originaire de Dublin.
Arrière-petit-fils de William-Armagh JOHNSTON (1699-1772), venu d'Ecosse s'établir à Bordeaux.
Un fils de Nathaniel, Raoul JOHNSTON devint Ingénieur civil des mines. D'autres enfants de Nathaniel sont bien connus : Harry Scott JOHNSTON, fondateur des pêcheries d'Arcachon ; Marguerite Jacqueline JOHNSTON (1872-1909) qui épouse en 1895 Oscar CAMBEFORT (1866-1951, associé à la banque GALLINE-CAMBEFORT à Lyon) ; Valentine JOHNSTON qui epouse en 1890 Edmond RAOUL-DUVAL (1862-1932, important négociant au Havre).
Son petit-fils François JOHNSTON devient ingénieur civil des mines (promotion 1921 de l'Ecole des mines de Paris, mort le 12/5/1936) comme son père et son grand-père.
Ancien élève de l'Ecole polytechnique (promotion 1855, sorti sans diplôme), et de l'Ecole des mines de Paris (promotion 1857, admis classé 1 des élèves externes, il fut diplômé en 1860 classé 13).
Référence : Dictionnaire de Biographie Française :
En 1866 il fut conseiller général et le 24 mai 1869 député de la Gironde. Partisan du libre-échange, il siégea au centre ; il fut réélu le 8/2/1871. Durant trois ans il fut secrétaire de l'Assemblée. Il s'intéressa surtout aux questions financières et commerciales, vota pour la paix, pour l'abrogation des lois d'exil, pour le ministère de Broglie, contre l'amendement Wallon. Il ne fut pas réélu le 20/2/1876. Il retourna à Bordeaux pour s'occuper de ses vignobles. Il fut le premier à lutter contre le mildiou en utilisant le sulfate de cuivre.